Простейшие (протисты) являются одноклеточными эукариотическими микроорганизмами, вследствие чего принципиально отличаются от прокариотов. Размеры простейших колеблются в среднем от 5 до 30 мкм. Клетки простейших покрыты плотной эластичной мембраной — пелликулой, образуемой периферическим слоем цитоплазмы. К ней прилегает внешний более плотный и гомогенный слой цитоплазмы – эктоплазма. Некоторые из простейших снабжены опорными фибриллами и минеральным скелетом, отсутствующими у бактерий. Цитоплазма простейших содержит компактное ядро или несколько ядер, окруженных мембраной, ядерный сок (кариолимфа), хромосомы и ядрышки, а также структуры, свойственные клеткам многоклеточных животных организмов: эндоплазматической ретикулум, рибосомы, митохондрии, аппарат Гольджи, лизосомы, различные типы вакуолей и др.
Многие простейшие способны активно перемещаться в пространстве посредством временных псевдоподий или постоянно существующих органелл (жгутики и реснички). Большинство из них обладает гетеротрофным типом метаболизма. У просто организованных форм захват пищи происходит посредством фагоцитоза. Простейшие с более сложной морфологией имеют специальные структуры, позволяющие поглощать пищу. Дыхание осуществляется всей поверхностью клетки. В неблагоприятных условиях жизненные процессы у простейших резко замедляются, они теряют органеллы и покрываются толстой и прочной оболочкой, образуя цисты.
Для идентификации с помощью световой микроскопии простейших красят по методу Романовского-Гимзы или Райта (цитоплазма окрашивается в синий, ядро – в красный цвет).
К патогенным простейшим — возбудителям заболеваний человека — относятся дизентерийная амеба, лямблии, трихомонады, лейшмании, трипаносомы, плазмодии малярии, токсоплазма, балантидии.
Простейшие относятся к подцарству Protozoa царства Animalia, которое включает 7 типов. Представители трех из них Sarcomastigophora, Apicomplexa, Ciliophora вызывают заболевания у человека.